Feces PCR (Tarmpatogene mikrober) v. 1.5

 

 

 

 

 

 

 

 

Indikasjon

 

 

 

§  Mistanke om infeksiøs gastroenteritt (bakterie/virus/cyster)

§  Blodig diare

 

Clostridioides difficile inngår ikke som en del av feces PCR panelet og må rekvireres som en separat analyse, se Clostridioides difficile (toksinproduserende)

 

Gode kliniske opplysninger kan igangsette utfyllende undersøkelser på laboratoriet for agens som ikke inngår i Feces PCR panelet (se utfyllende tekst under «Kommentar»).

 

Marksykdom parasitter: Feces PCR panelet påviser kun cyster, det vil derfor være nødvendig med bestilling av «utvidet parasitt undersøkelse» ved mistanke om marksykdom for påvisning av egg, se Parasitter i feces, utvidet undersøkelse (egg) (A)

 

Kontrollprøver: Ved påvist bakterielt agens hvor det er indikasjon for kontrollprøver, samt for prøver tatt i forbindelse med smittesporing, vil det kun bli utført bakteriologisk dyrkning. Kontrollprøver må bestilles som en separat analyse i tjenestekatalogen.

 

 

 

 

Prøvemateriale/

Transportmedium

Feces uten tilsetning i steril universalkonteiner (20ml) med eller uten skje.

 

 

 

 

 

 

 

 

Oppkastprøver er ikke egnet prøvemateriale, se Kommentar.

Analysevolum

Minst 1/3 fullt prøveglass

 

Prøvetaking

Ha feces over i prøvebeholderen, for eksempel fra ren potte eller bekken. Feces må ikke hentes opp fra vannet i toalettskålen.

Påse at lokket er skrudd godt igjen og at beholderen ikke er tilgriset på utsiden og under kork, da tilgrisede prøver avvises ved laboratoriet.

 

 

 

Prøvebehandling

Prøven bør sendes så snart som mulig, og senest ankomme laboratoriet 3 døgn etter prøvetakning.

         Oppsamling av prøver fra flere dager må unngås, da bakteriemengden reduseres raskt ved oppbevaring.

Prøven oppbevares i kjøleskap før forsendelse til laboratoriet.

Forsendelse

Må sendes i transporthylse av slagfast plast grunnet smittefare.

 

 

Merking av prøve

Prøveglasset merkes med etikett fra etikettskriver (elektronisk rekvirering). Evt. fullt navn og fødselsnummer.

 

Metode

Multiplex real-time PCR (polymerasekjedereaksjon) (QIAstat-Dx Gastrointestinal Panel)

 

 

 

 

 

Utføres

Inneliggende: Mandag til lørdag

         I helger med høyt prøvevolum/høy aktivitet ved laboratoriet, vil analysering av feces prøver måtte avvente til førstkommende mandag.

Polikliniske prøver: Mandag til fredag

Høytidsdager: Ved sammenhengende høytidsdager vil analysen bli utført på utvalgte dager for å opprettholde svartiden.  

Prøver fra inneliggende pasienter vil bli prioritert dersom laboratorier mottar et høyt antall prøver. 

 

 

 

Svarvurdering

         Påvist/ikke påvist/inkonklusiv.

         Ved funn av bakteriologisk agens vil prøven i tillegg bli dyrket der dette er aktuelt, for videre identifisering, typing, resistensbestemmelse og/eller innsending til referanselaboratorium, se Kommentar

 

Svartid

1-3 dager

 

 

Agens som inngår i feces PCR panelet

Bakterier:

  • Campylobacter spp (C.jejuni, C. upsaliensis, C. coli)
  • Plesiomonas shigelloides
  • Salmonella spp.
  • Shigella/Enteroinvasiv Escherichia coli (EIEC)
  • Enterohemoragisk Escherichia coli (EHEC)
  • Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC)
  • Enteroaggregativ Escherichia coli (EAEC)
  • Vibrio species (V. vulnificus, V. parahaemolyticus, V. cholera)
  • Yersinia enterocolitica

 

Virus:

§  Adenovirus (serotype 40 og 41)

§  Astrovirus

§  Norovirus (Genogruppe: GI og GII)

§  Rotavirus (gruppe A)  

§  Sapovirus (GI, GII, GIV, GV)

 

Parasitter:

  • Cryptosporidium
  • Cyclospora cayetanensis
  • Entamoeba histolytica
  • Giardia lamblia

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Kommentar

Gode kliniske opplysninger er viktig:

Andre bakterier enn de som er inkludert i feces-PCR panelet, kan være årsak til pasientens symptomer, og gi negativt PCR-resultat. Når det er oppgitt tilstrekkelig med kliniske opplysninger vil laboratoriet i spesielle tilfeller utføre utvidet dyrkning. 

Eksempel på kliniske opplysninger:

  • Blodig diare
  • Gastroenteritt etter inntak av sjømat (Aeromonas, Shewanella, Vibrio-arter)
  • Reiseanamnese
  • Varighet

NB: Ved mistanke om Vibrio cholerae må laboratoriet kontaktes før prøve sendes, da det må produseres spesialskåler for dyrkning.

 

Dyrkning:

Svartid: 2-6 dager

Dyrkningsprøver besvares med: Ingen vekst eller vekst med identifikasjon, og evt en kommentar til resultatet.

Resistensbestemmelse blir utført dersom aktuelt og rapporteres for:

§  Pasienter innlagt på sykehus

§  Salmonella typhi og paratyphi

§  Shigella

Resistensbestemmelse utføres ikke rutinemessig på prøver fra polikliniske pasienter, men kan utføres på forespørsel.

 

Ved utbruddsituasjon i sykehus/institusjoner:

I helt spesielle tilfeller, f.eks i en utbruddsituasjon med mistanke om norovirus eller sapovirus i sykehus/institusjoner, der det ikke er mulig å få tatt vanlig avføringsprøve kan en rektalprøve med Fecal Swab med synlig feces være et alternativ. Analysen er ikke verifisert for rektalpensel og det anbefales at det i tillegg sendes inn en vanlig avføringsprøve ved første anledning, særlig ved negativt resultat.
Fecal Swab kan fås ved henvendelse til Avdeling for medisinsk mikrobiologi.

Oppkastprøver kan ikke analyseres med QIAstat-Dx Gastrointestinal Panel, og er ikke et egnet prøvemateriale pga lav sensitivitet.

 

 

Avdeling

Avdeling for medisinsk mikrobiologi

Tlf: 51518800

Feces laboratorium Tlf: 51518852

Seksjon for molekylærdiagnostikk

Tlf: 51518873

Akkrediteringsstatus

Feces PCR: Ikke akkreditert

Dyrkning: Akkreditert*, med unntak av EHEC-dyrkning, Plesiomonas, Aeromonas, Shewanella og Vibrio-arter inkludert Vibrio cholerae.
*Frivillig suspendert fra akkrediteringen i 2023