Feces PCR (Tarmpatogene mikrober) v. 1.1, 29.03.2023

 

 

 

 

Indikasjon

 

 

 

 

 

 

§  Mistanke om infeksiøs gastroenteritt (bakterie/virus/cyster).

§  Blodig diare.

 

 

OBS:

For kontrollprøver etter tidligere funn av tarmpatogene bakterier, eller prøver tatt i forbindelse med smittesporing (e.g. i tilfelle med påvist HUS/høyvirulent EHEC), vil bakteriologisk dyrkning bli utført. Kontrollprøver rekvireres separat i tjenestekatalogen.

 

Clostridioides difficile inngår ikke i svarutgivelsen av Feces PCR og må rekvireres separat i tjenestekatalogen.  

 

Gode kliniske opplysninger kan igangsette utfyllende undersøkelser på laboratoriet for agens som ikke inngår i Feces PCR panelet (se utfyllende tekst under «Kommentar»).

 

 

Prøvemateriale/

Transportmedium

 

Feces uten tilsetning i steril universalkonteiner (20ml) med eller uten skje.

 

 

 

 

 

 

 

 

Analysevolum

Minst 1/3 fullt prøveglass

 

Prøvetaking

Ha feces over i prøvebeholderen, for eksempel fra ren potte eller bekken. Påse at lokket er skrudd godt igjen.

Prøven må ikke hentes opp fra vannet i toalettskålen.

 

Prøvebehandling

§  Prøven oppbevares i kjøleskap før forsendelse til laboratoriet.

§  Prøven bør sendes så snart som mulig, og senest ankomme laboratoriet 3 døgn etter prøvetakning.

o   Oppsamling av prøver fra flere dager må unngås, da bakteriemengden reduseres raskt ved oppbevaring.

 

Forsendelse

Må sendes i transporthylse av slagfast plast grunnet smittefare.

 

Merking av prøve

Prøveglasset merkes med etikett fra etikettskriver (elektronisk rekvirering).

Eventuelt skrives fullt navn, fødselsnummer, dato og klokkeslett for prøvetaking på prøveglasset.

 

 

Metode

Multiplex real-time PCR (polymerasekjedereaksjon) (QIAstat-Dx Gastrointestinal Panel)

Utføres

Inneliggende: Mandag til lørdag

Polikliniske prøver: Mandag til fredag

Svartid

1-3 dager

 

 

Svarvurdering

 

§  Påvist/Ikke påvist/Inkonklusiv

§  Ved funn av bakteriologisk agens vil prøven i tillegg bli dyrket der dette er aktuelt, for videre identifisering, typing, resistensbestemmelse og/eller innsending til referanselaboratorium.

 

§  Resistensbestemmelse blir utført og rapporteres for:

o   Pasienter innlagt på sykehus

o   Salmonella typhi og paratyphi

o   Shigella

 

Resistensbestemmelse utføres ikke rutinemessig på prøver fra polikliniske pasienter, men resistensbestemmelse kan utføres på forespørsel.

 

 

 

Agens som inngår i panelet

Bakterier:

§  Campylobacter spp (C.jejuni, C. upsaliensis, C. coli)

§  Plesiomonas shigelloides

§  Salmonella spp.

§  Shigella/Enteroinvasiv Escherichia coli (EIEC)

§  Enterohemoragisk Escherichia coli (EHEC)

§  Enteropatogen Escherichia coli (EPEC)

§  Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC)

§  Enteroaggregativ Escherichia coli (EAEC)

§  Vibrio species (V. vulnificus, V. parahaemolyticus, V. cholera)

§  Vibrio vulnificus

§  Yersinia enterocolitica

 

Virus:

§  Adenovirus (serotype 40 og 41)

§  Astrovirus

§  Norovirus (Genogruppe: GI og GII)

§  Rotavirus (gruppe A)  

§  Sapovirus (GI, GII, GIV, GV)

 

Parasitter:

§  Cryptosporidium

§  Cyclospora cayetanensis - Analysen er ikke verifisert ved laboratoriet, men metoden er godkjent av produsent.

§  Entamoeba histolytica

§  Giardia lamblia.

 

 

 

 

Kommentar

 

Andre bakterier enn de som er inkludert i feces-PCR panelet, kan være årsak til pasientens symptomer, og gi negativt PCR-resultat. Når det er oppgitt tilstrekkelig med kliniske opplysninger vil prøven i enkelte/spesielle tilfeller dyrkes i tillegg, Det er derfor viktig med gode kliniske opplysninger.

 

Eksempel på kliniske opplysninger:

§  Blodig diare

§  Gastroenteritt etter inntak av sjømat (Aeromonas, Shewanella, Vibrio-arter).

§  Reiseanamnese

§  Varighet

 

NB: Ved mistanke om Vibrio cholerae må laboratoriet kontaktes før prøve sendes, da det må produseres spesialskåler for dyrkning.

 

 

 

Avdeling

 

Avdeling for medisinsk mikrobiologi

Tlf: 51518800

Feces laboratorium Tlf: 518852

Seksjon for molekylærdiagnostikk

Tlf: 518873 / 950 13 362

 

Akkrediteringsstatus

Ikke akkreditert