SARS-CoV-2 RNA (NAT/PCR)

SARS-CoV-2 RNA (NAT/PCR) v. 3.3, 20.04.2022

Indikasjon

Alle som fyller de nasjonale testkriteriene for koronavirus SARS-CoV-2 (covid-19) bør testes, se

https://www.fhi.no/sv/smittsomme-sykdommer/corona/2019-ncov/diagnostikk/

 

Følgende må oppgis på rekvisisjonen:

         Kliniske opplysninger

         Dersom helsepersonell: arbeidssted og telefon nummer til den ansatte

         Kontaktinformasjon til rekvirent/kommunelege, inkludert telefonnummer som man kan nås på utenfor kontortid

         Opplysninger om at prøven er tatt i forbindelse med utbrudd/smittesporing

Prøvemateriale

Alternativ 1 gjelder som hovedregel for alle rekvirenter.

For enkelte teststasjoner gjelder alternativ 2 etter avtale.

 

1. Gjelder alle rekvirenter ved bruk av virustransportmedium med bøyelig pensel

Kombinert prøve fra hals og nasopharynx (med samme pensel) anbefales som førstevalg.

 

Alternativt

-      Nasopharynx

-      Halsprøve

 

2. Gjelder kun for utvalgte teststasjoner etter avtale ved bruk av Hologic Direct Load Capture Cap-rør (DLCC-rør)

Kombinert prøve fra hals og fremre neseprøve (med samme pensel) anbefales som førstevalg.

 

Alternativt

-      Halsprøve

 

3. Gjelder kun for spesialisthelsetjenesten:

Prøve fra nedre luftveier (bronkoalveolær lavage, trachealsekret, ekspektorat) evt. vurderes dersom det er sterk klinisk mistanke om covid-19 og prøve fra øvre luftveier er negativ.

 

Generelt:

Valg av prøvetakingslokalisasjon må tilpasses pasientens gjennomføringsevne. Halsprøve kan være aktuelt for eksempel hos barn for å redusere ubehag, evt. dersom kun stiv prøvetakingspensel er tilgjengelig.

Transportmedium/

prøvebeholder

1. Virustransportmedium til nasopharynxsekret og halsprøve (UTM-RT, evt. andre virustransportmedier avhengig av tilgjengelighet)

3C057N-2-wht

2. Hologic Direct Load Capture Cap-rør (DLCC-rør) ved utvalgte teststasjoner, til halssekret og fremre neseprøve

Steril universalkonteiner til BAL/trakealaspirat/ ekspektorat

Se: Bestilling av prøvetakingsutstyr, mikrobiologi 

Prøvetaking

Av smittevernmessige årsaker skal prøve til SARS-CoV-2 i utgangspunktet kun tas på etablerte teststasjoner, i helseinstitusjoner eller av andre som har etablerte systemer for prøvetaking mtp. covid-19.

 

Ved prøvetaking må anbefalt beskyttelsesutstyr benyttes, se https://www.fhi.no/nettpub/coronavirus/helsepersonell/personlig-beskyttelsesutstyr/

 

Det må være et system for å unngå kontaminering av utside prøverør/kork med smittefarlig materiale. Ved teststasjonene ivaretas dette ved at en person tar prøven og en annen håndterer prøverør. Dersom prøve tas av en person i screening eller smittevernhensyn må det sikres at prøverør desinfiseres tilstrekkelig, med desinfeksjonssprit 75%.

 

1.    Kombinert prøve fra hals og nasopharynx ved bruk av virustransportmedium

Bruk nasopharynxpensel (bøyelig); prøve tas først i hals, deretter i nasopharynx.

Dersom kun stiv prøvetakingspensel er tilgjengelig, tas prøve kun fra hals.

 

Halsprøve: Bruk spatel for å holde tunga nede. Prøvetakingspensel strykes over tonsiller og bakre svelgvegg i ca 5 sekunder. Dersom det er brukt bøyelig prøvetakingspensel kan denne deretter brukes til å ta nasopharynxprøve.

 

Nasopharynxprøve: Samme pensel som ble brukt til halsprøve (bøyelig prøvetakingspensel) føres forsiktig inn langs bunnen av nesehulen til den støter mot bakre svelgvegg, hvor den roteres i ca 5 sekunder. Sett deretter penselen ned i virustransportmediet og brekk av før korken skrus på. 

 

2.    Kombinert prøve fra hals og fremre nese ved bruk av Hologic Direct Load Capture Cap-rør (DLCC-rør)

- gjelder kun for utvalgte teststasjoner etter avtale

Bruk pensel som følger med kit (stiv pensel); prøve tas først i hals, deretter i fremre nese.

 

Halsprøve: Bruk spatel for å holde tunga nede. Prøvetakingspensel strykes over tonsiller og bakre svelgvegg i ca 5 sekunder. Pensel brukes deretter til å ta fremre neseprøve.

 

Fremre neseprøve: Pasienten bøyer hodet lett bakover. Før samme pensel som ble brukt til halsprøve rolig inn i nesa så hele den absorberende delen kommer inn i nesen. Pensel føres rett inn, ikke opp, ca 1-2 cm inn i nesen (kortere hos barn). Roter/før forsiktig litt frem og tilbake langs innsiden av neseboret i 10 sekunder.

 

3.    Nedre luftveisprøve (kun i spesialisthelsetjenesten):

Bronkoalveolær lavage/ trakealaspirat/ekspektorat tas etter gjeldende prosedyrer

Prøvebehandling

Kontaminering av utside prøverør/kork med smittefarlig materiale må unngås, se Prøvetaking. Påse at korken på prøverør er godt tilskrudd for å unngå lekkasjer, og transporter prøver i stativer eller plasthylser.

Helsepersonell skal som hovedregel ikke levere prøve tatt av seg selv eller pårørende/husstandsmedlemmer. Ansatte SUS som er på jobb i påvente av prøvesvar og som har fått tatt prøve i regi av egen avdeling, kan unntaksvis levere egen prøve.

 

Prøven leveres snarest til laboratoriet i åpningstiden, se https://helse-stavanger.no/avdelinger/klinikk-for-medisinsk-service-og-abk/avdeling-for-medisinsk-mikrobiologi

Oppbevaring dersom prøven tas utenom Laboratoriets åpningstider, i påvente av forsendelse:

1. Virustransportmedium oppbevares i kjøleskap. Prøven er holdbar i 1 uke i kjøleskap.

2.  Hologic Direct Load Capture Cap-rør (DLCC-rør) anbefales oppbevart i romtemperatur. Holdbarhet er 6 dager ved oppbevaring i 2-30 grader.

Merking av prøve

Strekkodelapp fra rekvisisjon eller etikettprinter (elektronisk rekvirering). Evt. fullt navn, fødselsnummer og prøvedato.

Metode

NAT (nukleinsyre-amplifiseringstester):

-      PCR (polymerasekjedereaksjon)

-      TMA (transkripsjonsmediert amplifikasjon)

Utføres

Analysen utføres alle dager, inkludert helger og helligdager.

Prøver til kun SARS-CoV-2 PCR analyseres og besvares fortløpende mellom kl 8.00 og 22.00 alle dager.

Ved høyt prøveantall vil prøver fra pasienter innlagt helseinstitusjoner, helsepersonell og prøver tatt i forbindelse med utbrudd/smittesporing bli prioritert. Det er viktig at nødvendige opplysninger kommer tydelig fram på rekvisisjonen for at laboratoriet skal kunne foreta prioritering.

Svartid

Det tilstrebes at alle prøver skal besvares innen 1 døgn fra prøven ankommer laboratoriet. I perioder med høyt prøveantall, vil svartiden kunne bli noe lenger.  

Svarvurdering

Påvist / ikke påvist / inkonklusiv

Ved inkonklusivt svar anbefales ny prøve.

Positive og inkonklusive svar ringes til rekvirent for pasienter innlagt ved SUS eller andre institusjoner. For andre pasientgrupper vil svar ikke bli ringt.

Fom 17.02.22 opphørte meldeplikt for positive prøver fra laboratorier til kommunelege, og kommunelege vil ikke lenger bli varslet per telefon eller elektronisk via ReMin ved positive/inkonklusive resultater.

Alle svar overføreres elektronisk så snart svar foreligger til DIPS/eksterne journalsystemer, og til Folkehelseinstituttet for overføring av svar til helsenorge.no og kjernejournal (gjelder personer med norsk personnummer).

Kommentar

Analysen detekterer sarbeco coronavirus (SARS-CoV-2 og SARS) og er egnet til påvisning av SARS-CoV-2 da det for tiden ikke er andre sarbeco coronavirus i omløp.

 

Ved kapasitet vil utvalgte positive prøver undersøkes videre for aktuelle virusmutasjoner med PCR-undersøkelse, og resultatet svares ut som en egen analyse på svarbrevet.

Helgenomsekvensering utføres på et utvalg av de positive prøvene, og besvares som en egen analyse.

Avklaring av virusvariant er ikke teknisk mulig i prøver med lav virusmengde (gjelder både PCR og helgenomsekvensering).

Rekvisisjonsskjema

Blå. Seksjon for virologi og molekylærdiagnostikk

Avdeling

Avdeling for medisinsk mikrobiologi

Tlf: 51518800

Akkrediteringsstatus

Ikke akkreditert analyse