Koronavirus (coronavirus) SARS-CoV-2 PCR v. 2.5, 04.05.2021

Indikasjon

Alle som fyller de nasjonale testkriteriene for koronavirus SARS-CoV-2 (covid-19) bør testes, se

https://www.fhi.no/sv/smittsomme-sykdommer/corona/2019-ncov/diagnostikk/

 

Følgende må oppgis på rekvisisjonen:

         Kliniske opplysninger

         Dersom helsepersonell: arbeidssted og telefon nummer til den ansatte

         Kontaktinformasjon til rekvirent/kommunelege, inkludert telefonnummer som man kan nås på utenfor kontortid

         Opplysninger om at prøven er tatt i forbindelse med utbrudd/smittesporing

Prøvemateriale

Kombinert prøve fra hals og nasopharynx

(med samme pensel) er anbefalt som førstevalg

 

Alternativt

-      Nasopharynx

-      Halsprøve

 

Valg av prøvetakingslokalisasjon må tilpasses pasientens gjennomføringsevne. Halsprøve kan være aktuelt hos barn for å redusere ubehag, evt. dersom kun stiv prøvetakingspensel er tilgjengelig.

 

I sykehus kan prøve fra nedre luftveier (bronkoalveolær lavage, trachealsekret, ekspektorat) evt. vurderes dersom det er sterk klinisk mistanke om covid-19 og prøve fra øvre luftveier er negativ

 

Transportmedium/

prøvebeholder

Virustransportmedium til nasopharynxsekret og halsprøve

Steril universalkonteiner til BAL/trakealaspirat/ ekspektorat

Se: Bestilling av prøvetakingsutstyr, mikrobiologi 

Prøvetaking

Av smittevernmessige årsaker skal prøve til SARS-CoV-2 i utgangspunktet kun tas på etablerte teststasjoner, i helseinstitusjoner eller av andre som har etablerte systemer for prøvetaking mtp. covid-19.

Ved prøvetaking må anbefalt beskyttelsesutstyr benyttes, se https://www.fhi.no/nettpub/coronavirus/testing-og-oppfolging-av-smittede/provetaking/, og det må være et system for å unngå kontaminering av utside prøverør/kork med smittefarlig materiale (f.eks. en person som tar prøven og en annen som håndterer prøverør). Av smittevernmessige årsaker kan helsepersonell dermed ikke ta prøve av seg selv eller av pårørende/personer i samme husstand.

 

Kombinert prøve fra hals og nasopharynx:

Bruk nasopharynxpensel (bøyelig); prøve tas først i hals, deretter i nasopharynx.

Dersom kun stiv prøvetakingspensel er tilgjengelig, tas prøve kun fra hals.

 

Halsprøve: Bruk spatel for å holde tunga nede. Penselen roteres/holdes på bakre svelgvegg i ca 5 sekunder før den tas ut. Dersom det er brukt bøyelig prøvetakingspensel kan denne deretter brukes til å ta nasopharynxprøve.

 

Nasopharynxprøve: Samme pensel som ble brukt til halsprøve (bøyelig prøvetakingspensel) føres forsiktig inn langs bunnen av nesehulen til den støter mot bakre svelgvegg hvor den roteres/holdes i ca 5 sekunder slik at pinnen kan suge til seg celler. Sett deretter penselen ned i UTM-RT-mediet og brekk av før korken skrus på. 

 

 

Nedre luftveisprøve (kun i spesialisthelsetjenesten): Bronkoalveolær lavage/ trakealaspirat/ekspektorat tas etter gjeldende prosedyrer

Prøvebehandling

Kontaminering av utside prøverør/kork med smittefarlig materiale må unngås. Påse at korken på prøverør er godt tilskrudd for å unngå lekkasjer, og transporter prøver i stativer eller plasthylser.

Helsepersonell kan ikke ta/levere prøver av seg selv eller pårørende/husstandsmedlemmer. Se også Prøvetaking.

 

Prøven leveres snarest til laboratoriet i åpningstiden, se https://helse-stavanger.no/avdelinger/klinikk-for-medisinsk-service-og-abk/avdeling-for-medisinsk-mikrobiologi

Prøven oppbevares i kjøleskap før forsendelse dersom prøven tas utenom Laboratoriets åpningstider. Prøven er holdbar i 1 uke i kjøleskap

Merking av prøve

Strekkodelapp fra rekvisisjon eller etikettprinter (elektronisk rekvirering). Evt. fullt navn, fødselsnummer og prøvedato.

Metode

PCR (polymerasekjedereaksjon)

Utføres

Analysen utføres alle dager, inkludert helger og helligdager.

Prøver til kun SARS-CoV-2 PCR analyseres og besvares fortløpende mellom kl 8.00 og 22.00 alle dager.

Prioritering: Ved høyt prøveantall vil prøver fra pasienter innlagt helseinstitusjoner, helsepersonell og prøver tatt i forbindelse med utbrudd/smittesporing bli prioritert. Det er viktig at nødvendige opplysninger kommer tydelig fram på rekvisisjonen for at laboratoriet skal kunne foreta prioritering.

Svartid

Det tilstrebes at alle prøver skal besvares innen 1 døgn fra prøven ankommer laboratoriet. I perioder med høyt prøveantall, vil svartiden kunne bli noe lenger.  

Svarvurdering

Påvist / ikke påvist / inkonklusiv

 

Alle positive og inkonklusive svar for SARS-CoV-2 varsles kommuneoverlege/smittevernoverlege per telefon. For inneliggende pasienter SUS ringes i tillegg avdelingen. Ved inkonklusivt svar, bes det om ny prøve. Negative svar ringes ikke.

Alle svar overføreres elektronisk så snart svar foreligger til DIPS/eksterne journalsystemer, og til Folkehelseinstituttet for overføring av SARS-CoV-2 svar til helsenorge.no og kjernejournal (gjelder personer med norsk personnummer).

Kommentar

Analysen detekterer sarbeco coronavirus (SARS-CoV-2 og SARS) og er egnet til påvisning av koronavirus SARS-CoV-2 da det for tiden ikke er andre sarbeco coronavirus i omløp.

Prøver som er positive for SARS-CoV-2 vil undersøkes videre for virusmutasjoner med PCR-undersøkelse for utvalgte mutasjoner (mutasjon 501Y og/eller 484K) som f.eks. britisk-, sør-afrikansk- og brasiliansk variant.

Resultat av denne analysen svares ut som en egen analyse på svarbrevet (påvist/ikke påvist/inkonklusiv, med en svarkommentar), og svaret ringes, etter gjeldende avtale, til kommuneoverlege/smittevernoverlege og til avdeling dersom inneliggende pasient ved SUS.

Helgenomsekvensering utføres på et utvalg av de positive prøvene, og besvares som en egen analyse.

Avklaring av virusvariant er ikke teknisk mulig i prøver med lav virusmengde (gjelder både PCR og helgenomsekvensering), og i slike tilfeller må ny prøve eventuelt vurderes.

Rekvisisjonsskjema

Blå. Seksjon for virologi og molekylærdiagnostikk

Avdeling

Avdeling for medisinsk mikrobiologi

Tlf: 51518800

Akkrediteringsstatus

Ikke akkreditert analyse